Langkah perubahan bentuk IAIN menjadi UIN mendapat rekomendasi pemerintah dengan ditandatanganinya Surat Keputusan Bersama (SKB) antara Menteri Pendidikan Nasional RI Nomor 4/U/KB/2001 dan Menteri Agama RI Nomor 500/2001 tanggal 22 November 2001. Selanjutnya melalui suratnya Nomor 088796/MPN/2001 tanggal 22 November 2001, Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional memberikan rekomendasi
dibukannya 12 program studi yang meliputi program studi ilmu sosial dan eksakta,yaitu Teknik Informatika, Sistem Informatika, Akuntansi, Manajemen, Sosial Ekonomi Pertanian/Agribisnis, Psikologi, Bahasa dan Sastra Inggris, Ilmu Perpustakaan, Matematika, Kimia, Fisika dan Biologi.Seiring dengan itu, rancangan Keputusan Presiden tentang Perubahan Bentuk IAIN menjadi UIN Syarif Hidayatullah Jakarta juga telah mendapat rekomendasi dan pertimbangan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara RI dan Dirjen Anggaran Departemen Keuangan RI Nomor 02/M-PAN/1/2002 tanggal 9 Januari 2002 dan Nomor S-490/MK-2/2002 tanggal 14 Februari 2002.